El principal reparo de la Contraloría fue que el ministerio no está facultado para fusionar puestos de notarios y conservadores, atribución que sólo pertenece al Presidente de la República y sólo entre conservadores y archiveros o entre secretarios y notarios.
Por lo mismo, la Contraloría ofició al Ministerio de Justicia para que proceda a adoptar las medidas tendientes a ajustar el decreto al actual ordenamiento jurídico, en lo que respecta a la fusión y separación de los cargos de notarios y conservador.
Las objeciones al decreto del ministerio fueron planteadas al organismo contralor por la Asociación de Notarios, Conservadores y Archiveros Judiciales, junto con distintos parlamentarios, quienes consideraron que el decreto se extralimitó al ordenar la fusión y división de puestos.